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康宁生命科学 (吴江) 有限公司
入驻年限:7 年
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江苏 苏州市 吴江市
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耗材、实验室仪器 / 设备、试剂、细胞库 / 细胞培养
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Axygen Biokit 常见问题(下)
人阅读 发布时间:2020-01-19 10:10
⚑ Axygen柱法通用型RNA抽提试剂盒回收到的RNA量少,可能的原因及改善建议?
· 样本用量过多或过少,样本用量过多导致裂解不完全,样本用量过少不能获得足量RNA;建议按照试剂盒protocol并依据样本实际情况调整样本用量。
· 样本中RNA丰度低,不同样本中RNA丰度不同,一般肝脏,胰腺,心脏中RNA含量较高(2-4ug/mg);脑,胚胎,肾,肺,胸腺,卵巢等是RNA中等丰度组织(0.05-2ug/mg);膀胱,骨和脂肪组织中RNA含量偏低(<0.05ug/mg)。
⚑ Axygen柱法通用型RNA抽提试剂盒回收到的RNA发生降解,可能的原因及改善建议?
· 样本不新鲜或保存不当;尽量选择新鲜样本,若需要保存,建议新鲜样本用液氮迅速冷却后保存于-80℃。
· 内源RNA酶降解,抽提时样本使用量过多,匀浆过程引起温度过高。某些富含内源核酸酶的组织(如肝脏,胸腺等)在液氮环境中进行组织研磨比匀浆更有助于减少RNA酶引起的RNA降解。
· 外源RNA酶降解,确保环境及使用的耗材等不会引入RNA酶污染。
· 裂解液用量不足,裂解样本时,请确保裂解液完全浸没样本。
⚑ Axygen柱法通用型RNA抽提试剂盒,抽提RNA的A260/A280比值偏低,可能的原因分析及改善建议 ?
考虑可能有蛋白质,酚类或其他在280nm 处有较强吸收峰的物质;建议加入R-II并离心后,避免把沉淀转移到制备柱上,多糖或多酚含量丰富的组织,注意多糖或多酚的去除。确保buffer W1A和W2中加入相应体积的乙醇(95%或100%)。
⚑ Axygen柱法通用型RNA抽提试剂盒,抽提RNA中有基因组DNA污染,可能的原因分析及改善建议?
· 样本用量过多,超出buffer R-II的裂解处理范围,建议调整样本用量。
· 样本含有机溶剂(如DMSO,乙醇等),建议先去除这些有机溶剂,避免影响裂解液的功能。
· 裂解后取上清,避免吸到沉淀。
⚑ Axygen柱法血RNA抽提试剂盒,回收到的RNA量偏少,可能的原因分析及改善建议?
· 避免血用量过多或过少,太多会出现裂解不充分,太少会导致RNA量不足。
· 裂解后取上清时,避免吸到沉淀。
· 把洗脱液预热到65℃有助于提高洗脱效率。
⚑ Axygen柱法血RNA抽提试剂盒,使用过程中,出现红细胞没有被完全裂解,应如何处理?
· 第2步,冰浴后悬液没有变得澄清,建议延长冰上孵育时间至20分钟。
· 第3步,离心后沉淀仍为红色,建议第4步加入buffer RL 后再增加冰上孵育时间5-10分钟。
⚑ Axygen柱法血RNA抽提试剂盒,抽提RNA的A260/280比值偏低,可能的原因及改善建议?
考虑可能有蛋白质或其他在280nm 处有较强吸收峰的物质;建议加入R-II中和离心后,避免把沉淀转移到制备柱。确保buffer W1A和W2中加入相应体积的乙醇(95%或100%)。
⚑ Axygen柱法胶回收试剂盒,目的片段回收效率低,可能的原因及改善建议是?
⚑ Axygen柱法胶回收试剂盒,回收DNA片段用于酶切,效果不好,原因分析及改善建议?
· 回收的DNA片段中含有盐分,乙醇污染;建议确保bufferW2洗两次,最后一次buffer W2清洗时,离心时间由1分钟延长至2分钟。
· 琼脂糖残留,建议切胶时尽可能去掉不含目的片段的胶,确保胶在DE-A中充分熔化。洗脱产物中含有ssDNA;建议把洗脱产物95℃加热2分钟,然后冷却到室温后使用,使单链DNA退火。
⚑ Axygen柱法PCR清洁试剂盒,片段回收效率低,可能的原因及改善建议是?
⚑ Axygen柱法PCR清洁试剂盒,回收片段用于下游实验效果不好,原因分析及改善建议?
· 抽提的DNA片段中含有盐分,乙醇污染;建议确保bufferW2洗两次或适当增加洗涤次数,最后一次buffer W2清洗时,离心时间由1分钟延长至2分钟。
· 洗脱产物中含有引物二聚体,会影响后续实验,如影响测序结果。正常情况下,使用该试剂盒无法完全去除>40 bp的引物二聚体;建议在PCR和制备柱结合后,先用750ul 35% 盐酸胍(guanidinehydrochloride ,35 g in 100 ml DI water)洗涤,然后按照试剂盒protocol,进行后续洗涤和洗脱。
· 洗脱产物中含有ssDNA;建议把洗脱产物95℃加热2分钟,然后冷却到室温后使用,使单链DNA退火。
⚑ Axygen柱法体液病毒DNA/RNA抽提试剂盒回收到的病毒DNA/RNA量少,可能的原因及改善建议?
· 确保试剂盒按照要求保存且在效期内。
· DNA/RNA降解;建议确保样本合理保存且没有反复冻融,确保抽提过程中的无酶环境,抽提的DNA/RNA应尽快使用或合理保存,避免长时间在室温放置引起的降解。
· 蛋白酶K失效或消化不全;建议按照试剂盒protocol使用蛋白酶K,避免反复冻融。
· DNA/RNA在洗涤过程中被带走或未能有效被洗脱掉;建议确保洗涤液bufferW2中加入相应体积无水乙醇,确保使用正确的洗脱液,加入制备柱膜正中间并确保均匀覆盖膜。洗脱液预热,加入制备柱后室温静置5分钟后再离心或抽负压可提高洗脱效率。
⚑ Axygen柱法体液病毒DNA/RNA抽提试剂盒回收到的病毒DNA/RNA,PCR/RT PCR结果异常,可能的原因及改善建议?
· PCR/RT PCR条带扩增不出,可能是抽提到的DNA/RNA量偏少,建议参考上一条“回收到的病毒DNA/RNA量少”;可能是病毒滴度低,建议适当增加病毒液用量;引物,温度等PCR参数设置异常,建议设置阳性对照以便于查找原因。
· PCR/RT PCR条带扩增出多条带或条带位置不对,考虑操作过程中塑料耗材带来的污染,设置阴性对照以便于查找原因。
· 样本用量过多或过少,样本用量过多导致裂解不完全,样本用量过少不能获得足量RNA;建议按照试剂盒protocol并依据样本实际情况调整样本用量。
· 样本中RNA丰度低,不同样本中RNA丰度不同,一般肝脏,胰腺,心脏中RNA含量较高(2-4ug/mg);脑,胚胎,肾,肺,胸腺,卵巢等是RNA中等丰度组织(0.05-2ug/mg);膀胱,骨和脂肪组织中RNA含量偏低(<0.05ug/mg)。
⚑ Axygen柱法通用型RNA抽提试剂盒回收到的RNA发生降解,可能的原因及改善建议?
· 样本不新鲜或保存不当;尽量选择新鲜样本,若需要保存,建议新鲜样本用液氮迅速冷却后保存于-80℃。
· 内源RNA酶降解,抽提时样本使用量过多,匀浆过程引起温度过高。某些富含内源核酸酶的组织(如肝脏,胸腺等)在液氮环境中进行组织研磨比匀浆更有助于减少RNA酶引起的RNA降解。
· 外源RNA酶降解,确保环境及使用的耗材等不会引入RNA酶污染。
· 裂解液用量不足,裂解样本时,请确保裂解液完全浸没样本。
⚑ Axygen柱法通用型RNA抽提试剂盒,抽提RNA的A260/A280比值偏低,可能的原因分析及改善建议 ?
考虑可能有蛋白质,酚类或其他在280nm 处有较强吸收峰的物质;建议加入R-II并离心后,避免把沉淀转移到制备柱上,多糖或多酚含量丰富的组织,注意多糖或多酚的去除。确保buffer W1A和W2中加入相应体积的乙醇(95%或100%)。
⚑ Axygen柱法通用型RNA抽提试剂盒,抽提RNA中有基因组DNA污染,可能的原因分析及改善建议?
· 样本用量过多,超出buffer R-II的裂解处理范围,建议调整样本用量。
· 样本含有机溶剂(如DMSO,乙醇等),建议先去除这些有机溶剂,避免影响裂解液的功能。
· 裂解后取上清,避免吸到沉淀。
⚑ Axygen柱法血RNA抽提试剂盒,回收到的RNA量偏少,可能的原因分析及改善建议?
· 避免血用量过多或过少,太多会出现裂解不充分,太少会导致RNA量不足。
· 裂解后取上清时,避免吸到沉淀。
· 把洗脱液预热到65℃有助于提高洗脱效率。
⚑ Axygen柱法血RNA抽提试剂盒,使用过程中,出现红细胞没有被完全裂解,应如何处理?
· 第2步,冰浴后悬液没有变得澄清,建议延长冰上孵育时间至20分钟。
· 第3步,离心后沉淀仍为红色,建议第4步加入buffer RL 后再增加冰上孵育时间5-10分钟。
⚑ Axygen柱法血RNA抽提试剂盒,抽提RNA的A260/280比值偏低,可能的原因及改善建议?
考虑可能有蛋白质或其他在280nm 处有较强吸收峰的物质;建议加入R-II中和离心后,避免把沉淀转移到制备柱。确保buffer W1A和W2中加入相应体积的乙醇(95%或100%)。
⚑ Axygen柱法胶回收试剂盒,目的片段回收效率低,可能的原因及改善建议是?
⚑ Axygen柱法胶回收试剂盒,回收DNA片段用于酶切,效果不好,原因分析及改善建议?
· 回收的DNA片段中含有盐分,乙醇污染;建议确保bufferW2洗两次,最后一次buffer W2清洗时,离心时间由1分钟延长至2分钟。
· 琼脂糖残留,建议切胶时尽可能去掉不含目的片段的胶,确保胶在DE-A中充分熔化。洗脱产物中含有ssDNA;建议把洗脱产物95℃加热2分钟,然后冷却到室温后使用,使单链DNA退火。
⚑ Axygen柱法PCR清洁试剂盒,片段回收效率低,可能的原因及改善建议是?
⚑ Axygen柱法PCR清洁试剂盒,回收片段用于下游实验效果不好,原因分析及改善建议?
· 抽提的DNA片段中含有盐分,乙醇污染;建议确保bufferW2洗两次或适当增加洗涤次数,最后一次buffer W2清洗时,离心时间由1分钟延长至2分钟。
· 洗脱产物中含有引物二聚体,会影响后续实验,如影响测序结果。正常情况下,使用该试剂盒无法完全去除>40 bp的引物二聚体;建议在PCR和制备柱结合后,先用750ul 35% 盐酸胍(guanidinehydrochloride ,35 g in 100 ml DI water)洗涤,然后按照试剂盒protocol,进行后续洗涤和洗脱。
· 洗脱产物中含有ssDNA;建议把洗脱产物95℃加热2分钟,然后冷却到室温后使用,使单链DNA退火。
⚑ Axygen柱法体液病毒DNA/RNA抽提试剂盒回收到的病毒DNA/RNA量少,可能的原因及改善建议?
· 确保试剂盒按照要求保存且在效期内。
· DNA/RNA降解;建议确保样本合理保存且没有反复冻融,确保抽提过程中的无酶环境,抽提的DNA/RNA应尽快使用或合理保存,避免长时间在室温放置引起的降解。
· 蛋白酶K失效或消化不全;建议按照试剂盒protocol使用蛋白酶K,避免反复冻融。
· DNA/RNA在洗涤过程中被带走或未能有效被洗脱掉;建议确保洗涤液bufferW2中加入相应体积无水乙醇,确保使用正确的洗脱液,加入制备柱膜正中间并确保均匀覆盖膜。洗脱液预热,加入制备柱后室温静置5分钟后再离心或抽负压可提高洗脱效率。
⚑ Axygen柱法体液病毒DNA/RNA抽提试剂盒回收到的病毒DNA/RNA,PCR/RT PCR结果异常,可能的原因及改善建议?
· PCR/RT PCR条带扩增不出,可能是抽提到的DNA/RNA量偏少,建议参考上一条“回收到的病毒DNA/RNA量少”;可能是病毒滴度低,建议适当增加病毒液用量;引物,温度等PCR参数设置异常,建议设置阳性对照以便于查找原因。
· PCR/RT PCR条带扩增出多条带或条带位置不对,考虑操作过程中塑料耗材带来的污染,设置阴性对照以便于查找原因。
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